Однако эти его реформы дошли до ушей иерусалимского патриарха Досифея, с которым состоял в постоянных сношениях переводчик Посольского приказа Николай Спафарий, бывший его оком и доверенным лицом в Москве. Досифей обрушился на Яворского в послании: «Несправедливо пишешь, что ты поборник восточной церкви, потому что, прохлаждаясь на одном обеде, где были и некоторые греки, ты опорочил восточную церковь насчёт совершения таинства евхаристии. И ныне, находясь в Москве, ты стер вконец еллинское училище и только о латинских школах заботишься...»

Но царь Стефана всячески оборонял и повелел не отвечать Досифею на его наветы.

Спафарий извещал Головина в письме: «Святейший (Досифей) ныне зело гневен на меня за то, будто мы умаляем его честь и бережём рязанского, а его письма небрежём. Я природу его ведаю из молодых лет: запальчивый такой, что и в алтаре никому не спустит. Отпиши к нему, потому что он вашей милости в письме пеняет, что ни малой отповеди от вашей милости не получил... И того ради на всякую статейку учини ему отповедь, и так утолится гнев его...»

Головин по просьбе царя вникал в духовные дела и утолял распри, время от времени возникавшие меж архиереев. И часть забот по академии легла на его плечи. Вместе с Яворским он разработал учебный план, в котором были не только духовные науки, вроде богословия, экзегетики и прочих, но и светские, такие как философия, астрономия, мироздание. По своему ведомству поручил он дипломатам вербовать учёных людей в профессора академии. Посол Москвы в Голландии Андрей Артамонович Матвеев сообщал ему: «Гречанина священника Серафима по вашему письму, дав ему на проезд денег, на вешних кораблях отправлю к Москве, потому что он здесь и в Англии многовременно жив... и довольные книги на греческом языке выдал, также философии и богословии сильное искусство имеет. Греческого, турецкого, латинского, французского и английского языков совершенно сведом. Может такой человек надобный не только для дел турецких впредь, и для свободных наук учения в государстве великого государя всегда употребительным быть...»

Московская славяно-греко-латинская академия ожила. И стали оттуда выходить богословские труды пока что в малом числе. Однако и Яворский, побуждаемый своим президентством, засел за писание обстоятельного труда. Он озаглавил его «Камень веры», а начал с обстоятельного изложения православного вероучения, как бы в ответ на попрёки патриарха Досифея. Далее он предполагал развить идею предопределения всего сущего на земле Божьим промыслом и верховенства духовной власти и почитал протестантизм отступничеством от христианства.

Меж тем на Москве объявился еретик и хулитель государя книгописец Гришка Талицкий. Будучи искусен в резьбе по дереву, изготовил он печатные доски, намереваясь печатать с них обличительные тетрадки. Великого государя объявлял он антихристом, коего приход предсказан был в старых книгах. По учинении розыска изловлен был сам Талицкий и его соумышленники и прикрыватели. Говорилось же ими так: какой он, Пётр Алексеевич, царь, коли сам людей терзает? Царь должен быть милостив и о нуждах народа печься, а он народ на муки обрекает, в дебри непролазные да в топи болотные загоняет. Таковые хулительные речения и писания были подхвачены и распространены.

Пётр призвал Стефана и спросил, слышал ли он о крамольных разговорах меж людьми. Стефан отвечал, что слышал.

— Как намерен ты поступить?

— Ежели пустить по церквам лист с обличением злоумышлителей, то в пастве пойдут толки о том, что нет-де дыма без огня, — отвечал Стефан. — По мне надобно похватать зачинщиков и учинить им суровое наказание.

— Это само собою. А не возьмёшься ли ты сочинить опровергательную книгу, дабы с нею в руках попы усовещали людей в церквах?

— Затеял я, государь милостивый, сочинить пространную книгу во утверждение православия, яко истинной веры и опровержение еретических течений. Озаглавил её «Камень веры». Но полагаю временно отступить от неё ради быстрого написания иной. Я уж и название придумал: «Знамения пришествия антихристова». И в ней мыслю обличить злонамеренное учение Гришки Талицкого. Ибо истинные знамения ему неведомы, а он рассевал ложные.

— Добро. Примись не отлагая — почитаю таковое дело важным, — сказал Пётр, заключая разговор.

Гришка Талицкий был схвачен и пытан. И будучи вздёрнут на дыбу и жжён огнём, повинился в злонамеренных речах и делах. И будто собирался таскать свои листки и пускать их в народ безденежно, и что призывал государя убить. А отчего таковое ожесточение в нём явилось, не сказывал. Оговорил многих, и бояр, и духовных. Монах Матвей показал: Талицкий пришёл и его келью, и принёс тетрадку об исчислении лет, и говорил: «Питаться стало нечем, а вы чего спите? Пришло последнее время: в книгах пишут, что будет осьмой-то царь антихрист, а ныне осьмой-то царь Пётр Алексеевич, он и есть, стало быть, подлинный антихрист».